Khi Nguyễn Văn Đua làm Phó Chủ tịch UBND TPHCM, ông có ký quyết định số 6565 ngày 27/12/2005 chỉnh sửa quy hoạch khu đô thị mới Thủ Thiêm.[2] Tại điều 2 quyết định này nêu rõ "Quyết định này thay thế Quyết định 367/TTg ngày 4/6/1996 của Thủ tướng Chính phủ " Võ Văn Kiệt. Quyết định 6565 tại thời điểm đó được cho là căn cứ theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải theo Văn bản số 1642 ngày 24/11/2003.[3] Quy hoạch mới do Nguyễn Văn Đua ký được cho là nới rộng quy hoạch cũ do Thủ tướng Võ Văn Kiệt phê duyệt vào năm 1996, làm cho nhiều hộ dân Thủ Thiêm bị mất đất, khiếu kiện nhiều năm.[4]